中科院—马普学会计算生物学伙伴研究所成立于2005年10月，是中国科学院和德国马普学会合作共建、联合资助、共同管理的一个国际化研究所。作为科技部国际科技合作基地，已与10多个国家的30多所大学和科研机构建立了合作关系，积极寻求对外合作成为一项重要发展策略。
该所充分发挥国际所的独特优势，研究队伍建设着眼于世界范围，不分种族国籍，唯才是用。目前已有来自十多个国家的科研人员在所工作，研究人员中外籍人员的比例占到30%，科研骨干队伍中外籍人员的比例达到60%以上。人员成分的国际化是该所一个显著特征，该所正逐渐成为一个面向世界开放的计算生物学国际研究平台。上图为研究所揭牌仪式。