2005年4月，上海市科委、新疆科技厅和乌鲁木齐市人民政府共同支持上海市科技创业中心和新疆生产力促进中心等单位共同在乌鲁木齐市投资，组建了新疆上海科技合作基地。基地旨在服务上海科技企业赴疆发展，服务新疆高新技术产业发展。经过五年的建设与发展，基地的孵化面积已从2000平方米增加到8000平方米，孵化企业数量从4家发展到61家，在吸引上海企业入驻的同时，山东、浙江及新疆本地的企业也慕名而来，涉及信息技术、现代农业、生物医药等领域，其中11家企业已拥有15项专利，入驻企业还创造了就业岗位300多个，被国家发改委授予“乌鲁木齐小企业创业基地”。 通过“孵化服务平台”、“东西部技术转移服务平台”、“东西部产、学、研合作平台”、“东西部合作交流平台”及“小企业创业服务平台”五大平台建设，基地充分挖掘和组织上海及长三角地区大学、科研院所的科技资源，将上海及长三角地区的先进技术、科技成果、项目引进新疆，充分利用新疆当地丰富的自然资源优势，与企业技术创新的需求紧密结合，推动高校和科研院所技术成果转化，帮助新疆本地中小科技型企业以较低成本快速提升企业的技术创新能力；基地还推动和引导科技型企业加强与大学、科研机构的合作，有效整合科技资源，以企业发展需求为导向，以提升企业竞争力为目标，促进企业成为技术创新活动的主体。在基地建设过程中，科技部“东西部技术转移服务平台”和自治区“全国科技支疆行动”等先后予以了一批建设项目支持，极大地改善了基地的服务环境，提升了服务能力。与此同时，基地的服务成效也得到了国家科技部的认可，2009年9月被授予第二批“国家技术转移示范机构”。自2000年至今，两地达成科技合作项目223项，其中上海市科委重点立项支持了94项，共投入财政资金897.5万元，带动社会资金总投入2.28亿元，预计产生经济效益12.34亿元。